האגודה לזכויות האזרח, יחד עם עמותת הלה למען החינוך בשכונות ובעיירות פיתוח ועם עמותת הפרדס הפועלת בשכונות דרום תל אביב, הגישו לבית המשפט המחוזי בתל אביב-יפו בקשה להצטרף כידידות בית המשפט לעתירה בעניין מבחני מיון לתלמידים. הבקשה נכתבה עם עו"ד הרן רייכמן מהקליניקה למשפט ומדיניות חינוך באוניברסיטת חיפה.
את העתירה הגישו מועצת ההורים של בית הספר לטבע ועמם 32 הורים, נגד החלטת משרד החינוך האוסרת על בית הספר לערוך מבחני קבלה לילדים המבקשים להתקבל לכתה א'. לעתירה קדמה פסיקה שחייבה את בית הספר לקבל לשורותיו שני אחים שנדחו במיונים בשנת הלימודים הקודמת, ובעקבותיה הודעתו של משרד החינוך לבית הספר שלא יאפשר עוד את המיונים לבית הספר.
שנותיו הראשונות של ילד במערכת החינוך מעצבות במידה רבה את מסלול חייו ואת עתידו. בבקשת ההצטרפות ביקשו הארגונים להיות לפה לכל אותם מאות ואלפי ילדים, נערות, נערים ובוגרים, ובני משפחותיהם, נפגעי הליכי המיון, אשר חוו תחושות השפלה ותיוג נוכח דחייתם, בהם כאלה המתגוררים ממש מול בית הספר לטבע, שיכולים להתבונן עליו בעיניים כלות אך לא להיכנס בשעריו. הפרקטיקה של מיון וסינון תלמידים רווחת במאות בתי ספר בישראל, למרות האיסור החוקי על כך. משרד החינוך נמנע כבר שנים מלאכוף את האיסור, בסתירה למדיניותו המוצהרת. פריחתם של בתי ספר ממלכתיים, ובהם בית הספר לטבע, המתנים את הכניסה אליהם במבחני מיון ובתשלומי הורים חריגים, מהווים חסם לאוכלוסיות חלשות. ב-19.3.2017 דחה בית המשפט המחוזי את עתירת ההורים שדרשו שיותר להם להמשיך למיין ילדים המבקשים להיכנס בשערי בית הספר. בית המשפט קבע, כי ההחלטה על הפסקת המיונים סבירה, נשענת על תשתית מקצועית מספקת וכי מדובר ב"החלטה המכבדת את התלמידים באשר הם, ומקדמת את ערכי השוויון היקרים לנו". ההורים ערערו על פסק הדין, וידידות בית המשפט – האגודה לזכויות האזרח, הלה למען החינוך בשכונות ובעיירות הפיתוח ועמותת הפרדס – צורפו להליך כמשיבות.
בדיון שהתקיים ב-19.3.2018 דחה בית המשפט את טענות המערערים, וקבע שאין לערוך מבחני קבלה לילדים המבקשים להתקבל לכתה א' בבית הספר. בכך קיבל בית המשפט את עמדת האגודה לזכויות האזרח, עמותת הלה ועמותת הפרדס. בדיון אמרו השופטים כי המיונים בבית ספר לטבע מהווים סגרגציה חברתית והמליצו למערערים לחזור בהם מהערעור, וכך היה.