ב-22.10.2021 הכריז שר הביטחון על שישה ארגונים פלסטינים הפועלים בגדה המערבית כארגוני טרור. להלן תגובת האגודה לזכויות האזרח:
"בין הארגונים שעליהם הכריז שר הביטחון ישנם ארגוני זכויות אדם ותיקים ומוערכים הפועלים מזה שנים ארוכות ללא לאות להגנה על זכויותיהם של התושבים הפלסטינים ונאבקים באומץ נגד עוולות הכיבוש. ההכרזה מבוססת על דוחות חסויים, ואינה מספקת ראיות או הוכחות להאשמה הכבדה. היא פוגעת אנושות במגיני זכויות אדם ובארגוני החברה האזרחית הפלסטינים, ומבקשת לגרום להשתקת אלה הפועלים להגנה על זכויות בני עמם, ומבקרים הפרות זכויות האדם הן על ידי ישראל והן על ידי הרשות הפלסטינית. אנו עומדים בסולידריות לצד ארגוני זכויות האדם, וקוראים לשר הביטחון לחזור בו לאלתר מהחלטתו, אשר קשה שלא לפרשה כהמשך מסע הדה לגיטימציה של הרשויות הישראליות נגד ארגונים אלה".
האגודה הצטרפה לשורה ארוכה של ארגוני זכויות אדם העומדים בסולידריות עם הארגונים הפלסטיניים. להלן נוסח המודעה:
"הכרזת שר הביטחון על ארגוני חברה אזרחית פלסטינים בולטים כארגוני טרור, ביניהם עמיתינו בקהילת זכויות האדם הפלסטינית, היא צעד דרקוני המוציא מחוץ לחוק פעילות חיונית למען זכויות האדם. תיעוד, סינגור וסיוע משפטי הם ליבת העשייה בהגנה על זכויות אדם בכל רחבי העולם. הפללתם היא צעד פחדני האופייני למשטרים אפלים ואוטוריטריים. הגנה על ארגוני החברה האזרחית ומגיני זכויות האדם היא חובה. אנו עומדים בסולידריות עם עמיתינו הפלסטינים וקוראים לשרי ממשלת ישראל ולקהילה הבינלאומית להתנגד להחלטת גנץ בכל תוקף".
ב-18.8.2022 פורסם כי הצבא פשט על משרדיהם של ששת הארגונים ושל ארגונן נוסף, החרים ציוד, סגר את המשרדים והלחים את דלתותיהם. להלן תגובת האגודה:
"ממשלת ישראל ממשיכה את הרדיפה נגד ארגוני זכויות אדם פלסטיניים.
לאחר דחיית ההשגות של הארגונים בגדה, ואישרור ההכרזה כארגוני טרור ע"י שר הביטחון של שלושה מהארגונים אמש, פלש הלילה הצבא למשרדיהם של ארגוני זכויות אדם, החרים ציוד והלחים את הדלתות. כל זאת במסגרת רדיפה פוליטית שמנהלת ישראל נגד פלסטינים שמבקרים את הכיבוש.
גם לאחר שתשע מדינות אירופאיות התורמות לארגונים אלו דחו את טענותיה של ישראל לאחר בחינת החומר שהועבר אליהן, ישראל ממשיכה במסע הרדיפה שלה, מאשררת את ההכרזה, פושטת על משרדי הארגונים, מחרימה מסמכים וציוד והכל מבלי שיש ראיות או הוכחות להאשמות הכבדות שהוטחו נגדם.
עבודתם של ארגוני זכויות אדם וחברה אזרחית הינה בעלת חשיבות רבה בכל חברה, ובפרט בקרב אוכלוסיות הסובלות מפגיעה מתמשכת ועמוקה כמו זו הנגרמת על ידי הכיבוש הישראלי.
גם היום, אנחנו עומדים בסולידריות עם עמיתנו וחברינו בארגוני זכויות האדם הפלסטינים, וקוראים לישראל להפסיק את מסע הרדיפה נגדם". INCLO, קואליציית ארגוני זכויות האדם החשובים בעולם, שבה חברה גם האגודה, פרסמה הודעת תמיכה בששת ארגוני זכויות האדם הפלסטינים, וקראה לממשלת ישראל לחזור בה מיידית מהחלטתה. בהמשך פורסם כי ה-CIA לא מצא ראיות לכך שהארגונים שעליהם הכריזה ישראל הם ארגוני טרור.
הארגונים החתומים על המודעה מאוקטובר 2021: אמהות נגד אלימות | במקום – מתכננים לזכויות תכנון | בצלם | גישה | האגודה לזכויות האזרח בישראל | הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל | הורים נגד מעצרי ילדים | המוקד להגנת הפרט | הקרן למגיני זכויות אדם | זזים – קהילה פועלת | חקל: ברית להגנה על זכויות אדם | יש דין | כרם נבות | לוחמים לשלום | מחסום Watch | מכון עקבות | עדאלה | עומדים ביחד | עיר עמים | עמק שווה | קו לעובד | רופאים לזכויות אדם | שוברים שתיקה | שומרי משפט – רבנים לזכויות אדם | שלום עכשיו
ארגוני INCLO החתומים על ההודעה מאוגוסט 2022:
Agora International Human Rights Group (Agora, Russia) | American Civil Liberties Union (ACLU) | Association for Civil Rights in Israel (ACRI) |Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS, Argentina) | Dejusticia (Colombia) | Egyptian Initiative for Personal Rights (EIPR) | Human Rights Law Centre (HRLC, Australia) | Hungarian Civil Liberties Union (HCLU) | Irish Council for Civil Liberties (ICCL) | Kenya Human Rights Commission (KHRC) | KontraS (Indonesia) | Legal Resources Center (LRC, South Africa) | Liberty (United Kingdom)